孝宗說:“最大的禮儀沒有比得上事奉宗廟的,而祭禮舉行時朕大多是帶病前往堅持祭祀的;最大的禮儀沒有大于執喪的,而朕不能親自到德壽宮去。想不退休,這可以嗎?朕正要把這個重任委托給你。”周必大哭著退下了。十二月,孝宗秘密賜給周必大高宗禪位時的親札。同月,孝宗令周必大留下商議。
淳熙十六年(1189年)正月八日,孝宗任命周必大為左丞相,遷封許國公,留正拜為右丞相。拜左丞相意味著孝宗對他的完全信任,欲托付以輔政重任。十一日,李巘草擬了二相制度,大家對此貶褒不一,孝宗召來李巘,命他另擬文書,不久把李巘貶到地方任職,周必大因而請求離朝,孝宗不允。孝宗又令周必大參與草擬詔書,專門論述了供奉靈位、侍奉太子之事。二月二日,參與禪位典禮,提議改定禪位詔書。三月一日,周必大被加授為少保,改封益國公。
國子司業何澹最初為周必大所器重,但他擔任學官,許久未遷官。后經留正舉薦方才升遷,他因而懷恨于周必大,于是借諫官之職予彈劾,致使周必大罷相,以觀文殿大學士之職判潭州。何澹對周必大譴責不停,再使其以少保充任醴泉觀使。其后改判隆興府,但他未赴任,又拜觀文殿學士、判潭州,恢復觀文殿大學士之官。周必大被所舉官吏受賄敗露之事牽連,降封滎陽郡公,后又復封益國公,改判隆興府,他辭去此職,獲拜醴泉觀使。
紹熙五年(1194年)五月四日,宋寧宗即位。七月二十一日,寧宗賜予其《求言詔》,周必大首陳四事:至孝、敬天、崇儉、久任。慶元元年(1195年),周必大三次上表引退,寧宗命其以少傅、觀文殿大學士、益國公致仕。
慶元六年(1200年),平民呂祖泰上書請求誅殺韓侂胄、驅逐陳自強,由周必大接替任職。次年,韓侂胄的黨羽、御史施康年以呂祖泰的上書為借口,彈劾周必大首倡“偽學”(指理學),又私植黨派。韓侂胄于是降周必大為少保。在“慶元黨禁”中,周必大與趙汝愚、留正被指責為罪魁禍首。嘉泰二年(1202年),寧宗恢復周必大少傅、觀文殿大學士的官銜。
嘉泰四年十月一日(1204年10月25日),周必大在吉州家中去世,享年七十九歲。寧宗聞訊后驚愕悲悼,追贈太師,為其輟朝兩日,賜銀千兩、絹千疋。十二月,葬于廬陵縣斗岡原上。開禧三年(1207年),寧宗賜周必大謚號“文忠”。嘉定元年(1208年)十一月,寧宗命樓鑰為周必大撰碑銘,并御書“忠文耆德之碑”六字賜予周必大家。


