綽號母夜叉，山夜叉孫元的女兒，菜園子張青的妻子，梁山泊三女將之一。她原與丈夫張青在孟州大樹十字坡下開黑店，武松刺配孟州途中，在其酒店中吃酒，她見武松包裹沉重，武松又為賺她，有意說些風話，她便在酒中下蒙汗藥，被武松識破，將她打翻在地。
恰張青趕回，問知是武松，夫妻二人陪禮請罪，盛情款待，張青還與武松結拜為兄弟。武松于鴛鴦樓殺了張都監等人后，她幫助武松改扮行者，投二龍山，不久她與張青亦去入伙。
三山聚義打青州時同歸梁山，做了打聽聲息邀接來賓頭領，仍開酒店為山寨做耳目，并常參與戰斗與官軍廝殺，有時還喬扮民婦，混入敵營，配合義軍的軍事行動。梁山泊全伙受招安后，征方臘攻清溪縣時，她被杜微用飛刀殺死。被追封為“旌德郡君”。
武松因殺潘金蓮、西門慶被發配孟州，途經十字坡，在孫二娘和丈夫張青經營的酒店里就餐。武松聽聞孫二娘開的是一家黑店，就故意在言語上戲弄孫二娘，孫二娘一生氣，就往武松的酒里下了藥。
武松假裝被藥麻翻，孫二娘來提武松時，卻被武松趁勢抱住撂倒。武松壓在孫二娘身上，孫二娘掙扎不開，只得求饒。這時張青從門外進來，也來求饒，互道來歷后，武松放了孫二娘，并與張青結為兄弟。
武松于鴛鴦樓上殺了張都監等許多人后，困倒在一座古廟里，陰差陽錯被孫二娘手下的伙計給救了。因為官府大力搜捕武松，孫二娘擔心武松的容貌容易被認出，就把曾經藥殺的頭陀的行裝給武松裝上，將其打扮成一個行者模樣，往二龍山落草。而后孫二娘和張青也上了二龍山。
三山聚義后，孫二娘上梁山，與丈夫張青看守梁山西路酒店，負責接待好漢、刺探情報。宋江攻打北京時，孫二娘為扈三娘副將，用詐敗伏擊了梁中書手下李成。攻打大名府時，孫二娘與張青等扮作鄉村夫妻，潛入大名府，與梁山軍里應外合救出了盧俊義。攻打東平府時，孫二娘與扈三娘等使用絆馬索，合力擒獲了雙槍將董平。
大聚義時，孫二娘為“地壯星”，仍舊與張青在西路酒店打探消息。三敗高俅時，孫二娘與顧大嫂等扮作送飯婦人，潛入高俅船廠，將其戰船燒毀。征遼時，孫二娘初時在檀州守御，而后與扈三娘等攻打太陰右軍陣，殺敗天壽公主；征田虎時，孫二娘隨盧俊義征伐；征王慶時，孫二娘參與伏擊匪首王慶。
征方臘時，孫二娘作為偏將隨盧俊義出征。張順死后，孫二娘協助朱仝攻打杭州菜市、薦橋等門。梁山軍攻杭州不利，損兵折將，吳用用計讓孫二娘與扈三娘等人扮作梢婆，通過給敵人押解糧船潛入城中，然后里應外合奪取了涌金門。最后攻打清溪縣時，孫二娘被方臘手下大將杜微用飛刀殺死。宋江班師回朝后，朝廷加封孫二娘為“旌德郡君”。
